Stift war anfangs nur eine Koppel, die Stüffkoppel, aus der sich der Ortsname ableitete. Die Bedeutung des Begriffes Stüff ist unsicher:
Im Niederdeutschen war stüff in der Bedeutung stumpf, ohne Spitze, verstümmelt, kurz oder knapp verbreitet (Deutsches Wörterbuch von Jacob und Wilhelm Grimm. Lfg. 2 (1932), Bd. X,IV (1942), Sp. 291, Z. 39; siehe dort auch andere mögliche Bedeutungen). Vielleicht wurden Bäume auf der Koppel gestüft im Sinne von „stutzten, auslichten“.

Nach dem Dreißigjährigen Krieg baute man den Meierhof des Bauerndorfes Holtenau nicht wieder auf, sondern errichtete ein Meierhof auf die Stüffkoppel in der heutigen Stifter Gegend.
Im Jahre 1685 hieß der Meierhof in den Urkunden „neuer Meierhof bei Holtenau“, der Name „Stift“ wurde urkundlich erwähnt im Jahre 1686.
Der Meierhof Stift war ein Teil des adeligen Gutes Seekamp.

Somit wurde Stift zum Stammhof des Grafen und damit zu einem Gut, wenn es auch meines Wissens nicht zu den adligen Gütern zählt.

Dennoch war das Gut Stift nicht nur ein landwirtschaftliches Anwesen, sondern auch ein herrschaftlicher Besitz und damit ein Verwaltungsbezirk.

In den Jahren 1905/06 verkaufte Graf Otto Dietrich Schack das Gut Stift an den Bauunternehmer Klaus Friedrich Fahrenkrug, der 1907 das heute noch stehende Kuhhaus (jetzt ein Alten- und Pflegeheim) erbaute.

Auch die Marine kaufte Grundstücke des Gutes, u. a. begann 1908 der Bau der Schießanlage in Altenholz.

1924 ließ er auch der Kornspeicher und Jungviehstall mit dem Uhrturm (heute u. a. ein Restaurant) bauen, entworfen von den Kieler Architekten Ernst Prinz.

Nach einigen neue Eigentümern zog in den 1930er Jahren die SA-Schule Nordmark in das Herrenhaus und nützte es als sogenanntes Kameradschaftshaus.
Im Stifter Wald hatte die Wehrmacht das Munitionslager Barkmissen für den Fliegerhorst Holtenau angelegt.

Im Zweiten Weltkrieg zerstörten zweimal Luftminen das Dach des Herrenhauses und in der Umgebung gab es insgesamt 27 Bombentrichter.